Het eerste station in Geldermalsen werd geopend op 1 november 1868. In de jaren zestig van de negentiende eeuw werden, langs de net aangelegde spoorlijnen, veel stationsgebouwen volgens een standaardmodel gebouwd.
De stations werden gebouwd door de overheidsdienst Waterstaat, daarom worden de stations ook wel Waterstaatstations genoemd. Er waren verschillende soorten stations, gekoppeld aan het aantal inwoners van de plaats waar het station zou komen. In totaal werden 96 stationsgebouwen volgens deze standaardtypen gebouwd. Hiervan zijn er nu nog 26 aanwezig. Ook Geldermalsen had zo’n standaardstation: type SS vervanger 5e klasse. In Houten is een dergelijk stationsgebouw nog te zien. Het is niet meer in gebruik, maar is bij de recente werkzaamheden wel bewaard gebleven.
Het station van Geldermalsen werd al snel aangepast; het huidige gebouw stamt uit 1884. Doordat het stationsgebouw in het midden van het spooremplacement staat, is het alleen te bereiken via een voetgangersbrug, en tot voor kort ook via een tunnel.
